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Diseño in silico de primers para el gen GSTM1 en diagnóstico de Cáncer de Pulmón
Resumen
El cáncer de pulmón es una de las enfermedades oncológicas más prevalentes y mortales en todo el mundo. A medida que avanzamos en la comprensión de los mecanismos subyacentes de esta enfermedad, es evidente que la detección temprana y precisa es crucial para brindar el tratamiento efectivo.
La familia de enzimas de transferencia de glutatión (GST) está involucrada en el metabolismo de una amplia variedad de carcinógenos, incluyendo aquellos que están asociados con el cáncer de pulmón. El gen GST1 (glutatión S-transferasa 1) es miembros de esta familia, y su expresión se ha relacionado con el riesgo de desarrollar cáncer de pulmón.
Los primers in silico son secuencias cortas de ADN que se diseñan para unirse y amplificar regiones específicas de un gen. El objetivo del presente estudio fue diseñar primers para amplificar de forma precisa la sección ubicada entre el exón 5 y 7 donde se identificó un polimorfismo de nucleótido único (SNP), cuyos alelos generan susceptibilidad para desarrollar cáncer de pulmón.
Los primers fueron diseñados empleando Primer3Plus y Primer-BLAST y analizados con OligoAnalyzer. De los 10 pares de primers diseñados, seleccionamos a los dos mejores de acuerdo con el tamaño del amplicón (148 y 155 pb) y la tendencia a formar dímeros. Con el fin de validar los primers diseñados se realizaron pruebas de PCR in silico mediante UGENE comprobando que el diseño de los primers fue exitoso. Se concluyó que fue posible diseñar y validar primers in silico específicos para el gen GTS1.
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Referencias
(NCBI)[Internet], N. C. f. B. I. (2021a). Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), National Center for Biotechnology Information. Retrieved from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
(NCBI)[Internet], N. C. f. B. I. (2021b). Nucleotide [Internet]. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), National Center for Biotechnology Information; [2021] – . Accession No. NM_000561.4, Homo sapiens glutathione S-transferase mu 1 (GSTM1), transcript;. Retrieved from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_000561.4/
Abdelhalim, D. M., Albkrye, A. M., Salih, M. A., Abodlaa, A., Elnasri, H. A., & Khaier, M. A. J. E. J. B. P. S. (2020). In silico analysis of a single nucleotide polymorphism (SNPS) in human GSTM1 gene associated with cancer development. 7(1), 514-521.
Bermúdez, G. P. (2022). Biología molecular: ADN recombinante y sus aplicaciones: Editorial El Manual Moderno.
Branco, I., Choupina, A. J. A. m., & biotechnology. (2021). Bioinformatics: new tools and applications in life science and personalized medicine. 105, 937-951.
Bustin, S., & Huggett, J. (2017). qPCR primer design revisited. Biomolecular Detection and Quantification. In: Elsevier GmbH.
Dasari, S., Ganjayi, M., Oruganti, L., Balaji, H., & Meriga, B. J. J. D. V. A. R. (2017). Glutathione S-transferases detoxify endogenous and exogenous toxic agents-minireview. 5(5), 00154.
Dulhunty, A. F., Board, P. G., Beard, N. A., & Casarotto, M. G. (2017). Physiology and pharmacology of ryanodine receptor calcium release channels. In Advances in Pharmacology (Vol. 79, pp. 287-324): Elsevier.
El-Deek, S. E., Abdel-Ghany, S. M., Hana, R. S., Mohamed, A. A., El-Melegy, N. T., & Sayed, A. A. J. M. B. R. (2021). Genetic polymorphism of lysyl oxidase, glutathione S-transferase M1, glutathione-S-transferase T1, and glutathione S-transferase P1 genes as risk factors for lung cancer in Egyptian patients. 48, 4221-4232.
Garafutdinov, R. R., Galimova, A. A., Sakhabutdinova, A. R. J. N., Nucleotides, & Acids, N. (2020). The influence of quality of primers on the formation of primer dimers in PCR. 39(9), 1251-1269.
Gupta, N. J. J. o. c. (2019). DNA extraction and polymerase chain reaction. 36(2).
Hendling, M., Barišić, I. J. C., & journal, s. b. (2019). In-silico design of DNA oligonucleotides: challenges and approaches. 17, 1056-1065.
Jalali, M., Zaborowska, J., & Jalali, M. (2017). The polymerase chain reaction: PCR, qPCR, and RT-PCR. In Basic science methods for clinical researchers (pp. 1-18): Elsevier.
Orozco-Ugarriza, M. E., Anaya, P. F., & Martinez, Y. O. J. R. R. d. I. A. y. D. S. (2016). VALIDACIÓN In silico DE OLIGONUCLEÓTIDOS-PRIMERS PARA LA DETECCIÓN ESPECIFICA DE Salmonella spp. MEDIANTE REACCIÓN EN CADENA DE LA POLIMERASA. 1(1), 42-50.
Rouillard, A. D., Gundersen, G. W., Fernandez, N. F., Wang, Z., Monteiro, C. D., McDermott, M. G., & Ma’ayan, A. J. D. (2016). The harmonizome: a collection of processed datasets gathered to serve and mine knowledge about genes and proteins. 2016.
Roy, D. G. (2019). A new algorithm for primer design. The University of Western Ontario (Canada),
SantaLucia Jr, J. J. P. o. t. N. A. o. S. (1998). A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics. 95(4), 1460-1465.
SfI, H. Primers were designed using the Beacon designer™ software (Premier Biosoft).
Syamsidi, A., Aanisah, N., Fiqram, R., Al Jultri, I. J. J. o. T. P., & Chemistry. (2021). Primer Design and Analysis for Detection of mecA gene. 5(3), 245-253.
Türkan, F., & Atalar, M. N. (2021). The toxicological impact of some agents on glutathione S-transferase and cholinesterase enzymes. In Toxicology (pp. 281-290): Elsevier.
van Weezep, E., Kooi, E. A., & van Rijn, P. A. J. J. o. v. m. (2019). PCR diagnostics: In silico validation by an automated tool using freely available software programs. 270, 106-112.
Wang, M., Li, Y., Lin, L., Song, G., & Deng, T. J. M. n. (2016). GSTM1 null genotype and GSTP1 Ile105Val polymorphism are associated with Alzheimer’s disease: a meta-analysis. 53, 1355-1364.
DOI: https://doi.org/10.23857/pc.v8i8.5991
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