El nmero de reproduccin de base y sus aplicaciones en epidemiologia
The basic reproduction number and its applications in epidemiology
O nmero bsico de reproduo e suas aplicaes em epidemiologia
Correspondencia: eduardo.pozo@espoch.edu.ec
Ciencias Tcnicas y Aplicadas
Artculo de Investigacin
* Recibido: 23 de mayo de 2022 *Aceptado: 12 de junio de 2022 * Publicado: 28 de julio de 2022
- Facultad de Ciencias, Escuela Superior Politcnica de Chimborazo (ESPOCH), Riobamba, Ecuador.
Resumen
El nmero de reproduccin de base, R_0, se define como el nmero promedio de casos que un individuo infectado va a causar durante el perodo de contagio dentro de una poblacin compuesta por nicamente por susceptibles. Este concepto es importante porque nos permite tener un indicador simple que valora la evolucin de una epidemia. Lo ms importante es que R_0 suele servir como parmetro que proporciona una estimacin de un valor mnimo para predecir si una infeccin se propagar o no. En este artculo damos una breve visin general del mtodo Next-generation matrix (NGM) el cual nos permite dar una formulacin de R_0 a partir de modelos deterministas y la forma en que las estimaciones de este parmetro epidemiolgico pueden servir de fundamento para tomar decisiones relativas a las estrategias de mitigacin. Adems, indicaremos que por s solo, el R_0 es una medida insuficiente de la dinmica de las enfermedades infecciosas en las poblaciones; hay otros parmetros que pueden aportar informacin ms til. No obstante, la estimacin del R_0 en una poblacin determinada es til para entender la transmisin de una enfermedad en ella. Si se considera el R_0 en el contexto de otros parmetros epidemiolgicos importantes, su utilidad puede consistir en que permite conocer mejor un brote epidmico y preparar la respuesta de salud pblica correspondiente.
Palabras Clave: Next-generation matrix; nmero de reproduccin de base.
Abstract
The base reproduction number, R_0, is defined as the average number of cases that an infected individual will cause during the period of contagion within a population composed of only susceptibles. This concept is important because it allows us to have a simple indicator that assesses the evolution of an epidemic. Most importantly, R_0 often serves as a parameter that provides an estimate of a minimum value to predict whether or not an infection will spread. In this article we give a brief overview of the Next-generation matrix (NGM) method which allows us to give a formulation of R_0 from deterministic models and the way in which estimates of this epidemiological parameter can serve as a basis for making relative decisions. to mitigation strategies. In addition, we will indicate that by itself, the R_0 is an insufficient measure of the dynamics of infectious diseases in populations; there are other parameters that can provide more useful information. However, the estimation of R_0 in a given population is useful to understand the transmission of a disease in it. If the R_0 is considered in the context of other important epidemiological parameters, its usefulness may be that it allows a better understanding of an epidemic outbreak and the preparation of the corresponding public health response.
Keywords: Next-generation matrix; base reproduction number.
Resumo
O nmero base de reproduo, R_0, definido como o nmero mdio de casos que um indivduo infectado causar durante o perodo de contgio em uma populao composta apenas por suscetveis. Este conceito importante porque nos permite ter um indicador simples que avalia a evoluo de uma epidemia. Mais importante, R_0 geralmente serve como um parmetro que fornece uma estimativa de um valor mnimo para prever se uma infeco se espalhar ou no. Neste artigo damos uma breve viso geral do mtodo da matriz de prxima gerao (NGM) que nos permite dar uma formulao de R_0 a partir de modelos determinsticos e a forma como as estimativas deste parmetro epidemiolgico podem servir de base para a tomada de decises relativas. s estratgias de mitigao. Alm disso, indicaremos que, por si s, o R_0 uma medida insuficiente da dinmica das doenas infecciosas nas populaes; existem outros parmetros que podem fornecer informaes mais teis. No entanto, a estimativa de R_0 em uma determinada populao til para entender a transmisso de uma doena na mesma. Se o R_0 for considerado no contexto de outros parmetros epidemiolgicos importantes, sua utilidade pode ser que permita um melhor entendimento de um surto epidmico e a preparao da resposta de sade pblica correspondente.
Palavras-chave: Matriz de prxima gerao; nmero de reproduo base.
Introduccin
Desde la aparicin del COVID-19, en la ciudad de Wuhan-China, a finales del 2020 ha llevado a los diferentes gobiernos del mundo a tomar medidas nunca vistas. Con la finalidad de hacer frente y desaparecer la epidemia, los gobiernos optaron por recomendar diversos tipos de medidas entre ellas el aislamiento social. Las razones que justifican estas medidas extremas para afrontar la epidemia son la rapidez con que el virus se propaga, lo letal que puede ser en poblaciones vulnerables, el impacto que puede tener en el sistema hospitalario y la falta de medicamentos o vacunas entre tantos otros. Por ende, es importante conocer en tiempo real el impacto que tienen las medidas adoptadas por los gobiernos y las personas en la evolucin de la epidemia. Es de singular importancia, saber si las medidas mencionadas generaron un crecimiento o decrecimiento de la epidemia en trminos de poblacin infectada.
Para determinar las medidas sanitarias para contrarrestar al COVID-19, los epidemilogos centran sus modelos y afirmaciones en cifras. Una de las ms importantes, sobre todo al principio de una enfermedad, es el nmero de reproduccin de base, . En una enfermedad, nos indica la cantidad de personas que pueden ser infectadas a partir de un paciente, denominado el paciente cero. As, si por ejemplo un nos indica que un infectado podr infectar a otro. Si el entonces, hasta cinco individuos podrn contraer la enfermedad durante el periodo infeccioso. Esta cifra se calcula a partir de datos empricos, aunque se ve afectada por otras variables. No existe un nico mtodo para calcular el , sino que este se puede determinar de forma directa segn los casos observados en una epidemia, normalmente, o siguiendo modelos estadsticos que consideran diversas variables. Existen diferentes modelos, algunos ms simples y otros ms complejos, para determinar el .
El origen de se da con los estudios de demografa de Bckh en 1886, Sharp & Lotka en 1911, Dublin & Lotka en 1925 y Kuczynski en 1928, luego, se estudi de forma independiente para las enfermedades transmitidas por vectores, como la malaria (Ross 1911; MacDonald 1952) y las infecciones humanas de transmisin directa (Kermack & McKendrick 1927; Dietz 1975; Hethcote 1975). Actualmente se utiliza ampliamente en el estudio de las enfermedades infecciosas y, ms recientemente, en los modelos de la dinmica de las poblaciones en el interior de los hogares. Sin embargo, la interpretacin de depende de los contextos antes mencionados. En epidemiologa, es el nmero de individuos infectados por un solo individuo infectado durante todo su periodo infeccioso, en una poblacin totalmente susceptible. Mientras que en la dinmica del parsito-husped, es el nmero de nuevas clulas infectadas producidas por una clula infectada durante su vida, suponiendo que todas las dems clulas son susceptibles.
La interpretacin de se deben a los trabajos de George MacDonal (1952) y se sabe que cuando , cada individuo infectado produce, en promedio, menos de un nuevo individuo infectado, y por lo tanto predecimos que la infeccin ser eliminada de la poblacin, o el parsito ser eliminado del individuo. Si , el patgeno es capaz de invadir la poblacin susceptible, que, en trminos generales, cuanto mayor es , ms difcil es controlar la enfermedad. Este criterio es donde recae la importancia y utilidad del concepto . As que, en un proceso infeccioso, podemos determinar las medidas de control, y su magnitud, para tener ms eficacia en reducir el por debajo de uno, lo que facilita una importante orientacin para las iniciativas de salud pblica. Adems tambin se utiliza para medir el riesgo de una epidemia o pandemia en las enfermedades infecciosas emergentes.
Actualmente se han desarrollado distintos trabajos tericos que han ampliado la nocin de a una serie de modelos complejos pero el uso prctico de se ha limitado, en su mayor parte, a sistemas deterministas muy simples.
Al no existir un nico mtodo para calcular , el tema a tratar en este articulo recae en la explicacin del mtodo de siguiente generacin o Next-generation, en ingls, para la obtencin de .
- El mtodo de next-generation.
Uno de los primeros intentos para definir es a travs de la Funcin de supervivencia. Consideremos una poblacin extensa y sea la probabilidad que un individuo contine infectado en el tiempo . Se denomina a esta cantidad como probabilidad de supervivencia. Si representa el promedio de nuevos individuos contagiados que un individuo infectado producir por unidad de tiempo cuando tuvo contacto con los otros individuos en un tiempo global. Entonces, el nmero de individuos infectados luego del contacto con el primer individuo infectado, durante toda su vida, es
.
Una discusin sobre generalizacin de a partir de esta probabilidad la podemos hallar en Baudrot et al. (2016)
Para lograr un mejor entendimiento del problema de calcular comencemos por recordar que, , es el nmero de individuos infectados por un solo individuo contagiado durante todo su periodo infeccioso en una poblacin totalmente susceptible, entonces una forma natural de examinar el proceso de infeccin en trminos de generaciones de individuos infectados consecutivos. Las generaciones posteriores que crecen en tamao indican un crecimiento poblacional, es decir, una epidemia y el factor de crecimiento por generacin indica el potencial de crecimiento. De manera natural este factor de crecimiento es entonces la caracterizacin matemtica de .
Como regla los diversos rasgos de los individuos, como el sexo, la edad, la especie, entre otros, son relevantes desde el punto de vista epidemiolgico, pero nosotros consideraremos el caso en el que estos rasgos dividen a la poblacin en un numero finito de categoras discretas.
Aqu el inters recae en poder definir una matriz que relacione el nmero de nuevos individuos infectados en las distintas categoras en generaciones consecutivas. Esta matriz, habitualmente notada , se denomina next-generation matrix (NGM); la cual fue introducida por Diekmann et al. en 1990, quienes adems definieron matemticamente como el valor propio dominante de .
Dentro de los diversos modelos en epidemiologia existen los modelos compartimentados; los cuales permiten describir con un numero finito de divisiones donde cada divisin est conectada, por un flujo, a otra divisin. Adems, la poblacin es asignada a cada divisin con letras, por ejemplo, , susceptibles; , infectados; , recuperados. Pero esta asignacin tambin permite denotar el tamao correspondiente de la subpoblacin, ya sea en forma de fraccin o de nmero (por ejemplo, para los individuos en estado infeccioso). La dinmica de los modelos en epidemiologia es descrita por un sistema de Ecuaciones Diferenciales Ordinarias, en general, no lineal autnomo. Donde el sistema nos da una descripcin de los cambios del tamao de cada subpoblacin en el curso del tiempo. Para desarrollar los clculos de , nos centraremos solamente en los compartimentos de la poblacin infectada.
Para el clculo de procederemos de la siguiente manera. Identificamos aquellos sistemas de ecuaciones que describen la dinmica de los individuos infectados y, por ende, trabajaremos con un subsistema de ecuaciones. Encontramos los puntos de equilibrio del sistema, que, por regla, existen. Luego, nuestro inters recae en punto de equilibrio libre de enfermedad o Disease-free equilibrium (DFE) y si el sistema es no lineal procedemos a linealizar el subsistema alrededor del punto DFE. Notemos que la linealizacin del sistema no solo permite una manipulacin ms sencilla en el estudio de este, sino que, en trminos epidemiolgicos, la linealizacin refleja que caracteriza el potencial de la propagacin inicial cuando un individuo infectado es introducido dentro de una poblacin de susceptibles, y, adems se asume que el cambio que se genera, dentro de esta poblacin en una etapa inicial, es mnimo.
Recordemos que cualquier sistema de ecuaciones diferenciales ordinarias lineales es descrito por la matriz jacobiana, y, es aqu donde radica la importancia de linealizar el sistema cuando ste es no lineal, y, de enlazar esta matriz con una interpretacin epidemiolgica. A la par del algoritmo presentado, tambin nos interesa realizar una descomposicin, particular, del sistema en dos partes; la parte de la transmisin, notada , y la parte de la transicin de los cambios que se presentan en los estados, notada . A continuacin, se calcula el valor propio dominante de la matriz , ms adelante indicaremos la importancia del signo negativo en la definicin de esta matriz. Donde la entrada es el nmero esperado de nuevos casos con estado de infeccin , generados por un individuo que acaba de nacer (epidemiolgicamente hablando) en el estado de infeccin .
- Aproximacin formal de la Matriz de Siguiente Generacin.
Consideramos que la poblacin est dividida en compartimientos. El nmero de individuos en el compartimiento esta dado por . Suponemos que denotamos les compartimientos de tal manera que los primeros sean constituidos de individuos no infectados, ms precisamente no portadores del germen -virus, protozoarios, parsitos, -. De hecho, todos los que no evolucionaron hacia un compartimiento de individuos infectados. En estos compartimientos podemos asumir que los susceptibles, individuos vacunados, en cuarentena de manera que no hay una transmisin vertical ni horizontal[1].
El concepto fundamental es que estos compartimientos nunca pueden dar transmisores por s mismos.
Los compartimientos restantes estn constituidos de los infectados. Por ejemplo, los infectados, latentes, portadores asintomticos.
Denotaremos
el estado del sistema.
Figura 1: Infectados y no infectados
Fuente: G. Sallet. (2018).
Describimos la dinmica de la enfermedad infecciosa, es decir, la escribiremos a travs de la ecuacin diferencial siguiente
(1)
donde es una funcin de en donde cada componente de esta representa la tasa de cambio de , con . Adems
donde constituye la tasa de aparecimiento de nuevas infecciones presentes en todos los compartimentos. Mientras que la se expresa como
con representando las tasas de transferencia de individuos entre compartimientos y es la tasa de transferencia de individuos fuera de los compartimentos. Mas especficamente,
- la velocidad de aparicin de nuevos infectados, en el compartimiento . Estos son nuevos infectados, obtenidos por transmisin de cualquier tipo -vertical u horizontal-
- representa los flujos entrantes relacionado al compartimiento derivados de otras causas (desplazamiento, envejecimiento, recuperacin, etc.).
- representa los flujos salientes relacionado al compartimiento producidos por cuestiones de mortalidad, cambios de estado epidemiolgico, etc.
Figura 2: Infectados y no infectados
Fuente: A. Perasso. (2018).
Tenemos finalmente
Vamos a considerar un punto de equilibrio del sistema, al cual se le denomina, punto de equilibrio sin enfermedad. Es decir, en este caso representa a una poblacin de susceptibles en la cual no hay ningn individuo infectado (por ende, tampoco recuperados). De hecho, cada esta fijo y es igual a cero para . En otras palabras, un punto de equilibrio sin enfermedad, es el punto tal que . Un punto de equilibrio de este tipo suele ser llamado un disease-free equilibrium (DFE). Este punto es dado por
(2)
Recalquemos que la naturaleza de las caractersticas epidemiolgicas implica tener las siguientes propiedades para las funciones, , antes introducidas (Diekmann et al. (1990) y van den Driessche & Watmough (2002)):
A. Cada funcin representa una transferencia dirigida de individuos, estas funciones son todos no negativas lo que implica a tener la condicin:
Si , entonces para .
B. Si no hay nada en un compartimiento, nada puede salir -propiedad fundamental de un modelo con compartimientos-. Entonces tenemos la condicin:
Si , entonces para .
C. Los compartimientos que tienen ndices inferiores a son los compartimientos de no infectados. Por ende, no puede aparecer en estos compartimentos infectados. As,
para .
D. Se asume que no hubo inmigracin de agentes infecciosos. Como es un punto de equilibrio sin enfermedad (DFE), significa que estamos en un estado en el que no hay infeccin por ninguna parte. es una pieza infecciosa de otro compartimento. Entonces esta condicin se traduce como:
Si es un punto de equilibrio sin enfermedad (DFE), entonces y para .
E. Si para todo , entonces todos los valores propios de la matriz jacobiana del sistema (1) tienen partes reales negativas.
Esta ltima supuesto significa sencillamente que cuando no hay enfermedad, la poblacin admite un equilibrio localmente asintticamente estable, el punto de equilibrio sin enfermedad. Con las hiptesis precedentes junto con el punto de equilibrio dado en (2), se sigue que
Adems, puesto que las componentes de de la funcin son idnticamente nulas para tenemos
y .
Las matrices y se expresan como
y
donde . Tomando en cuenta las cuatro primeras hiptesis, la matriz es una matriz positiva y como es un DFE entonces por la hiptesis (A), (B), (C) la matriz es una matriz de Metzler[2].
- Deduccin de la matriz de siguiente generacin.
Vamos ahora a dar las etapas utilizadas para deducir la matriz de siguiente generacin. Introducimos una cifra pequea de individuos infecciosos en la poblacin de susceptibles y estamos, tambin, considerando que estn en el equilibrio sin enfermedad (DFE). Para determinar la salida de un nmero pequeo de individuos infectados en la poblacin, entonces la hiptesis (C) nos dice lo que
para
y consideramos la dinmica de estos individuos sin que tengan una nueva infeccin, ya que solo nos interesan los individuos que estn atenuados por una primera infeccin y pueden reinfectarse. Con esta consideracin, la hiptesis (D) nos permite obtener:
para .
As tendremos para .
Puesto que deseamos conocer su comportamiento en el futuro, consideremos el sistema aproximado por su linealizacin en el punto de equilibrio. Si estemos cerca del equilibrio, el comportamiento del sistema es aproximado por el sistema linealizado.
Como tenemos que el sistema se convierte, con igual a , en
,
y este nuevo sistema puede ser utilizado para determinar el rumbo de un pequeo nmero de individuos infectados introducidos en la poblacin sin presencia de la enfermedad.
Sean el nmero inicial de individuos infectados en el compartimiento y el nmero de estas personas inicialmente infectadas que permanecen en los compartimientos de infectados luego de un cierto tiempo. Es decir, el vector es la componente de . La particin de implica que
de donde se observa que . Por lo tanto, lo que implica
(3)
La expresin en (3) muestra la trayectoria del paciente cero a travs de los compartimientos de la enfermedad desde la exposicin inicial hasta la recuperacin o la muerte y representa la probabilidad que el paciente cero se encuentre en el estado de la enfermedad en el tiempo . Adems, se considera como un pequeo nmero de individuos infectados en el tiempo . Al final obtenemos que el tiempo esperado que el paciente cero pasa en cada comportamiento viene dado por la siguiente integral
(4)
donde las entradas de la matriz pueden ser interpretadas como el tiempo previsto que un individuo inicialmente introducido en el compartimiento de la enfermedad pasa en el compartimiento de enfermedad .
Este grupo de infectados va a generar nuevos casos, as, el numero previsto de nuevas infecciones producidas por el paciente cero viene expresado por
(5)
donde la entrada de la matriz es la tasa de produccin de las infecciones en el compartimiento para un paciente cero en el compartimiento .
Observemos que si es una matriz positiva y es una matriz de Metzler invertible y positiva, con esto podemos decir que es una matriz no negativa.
A continuacin, damos la interpretacin de las componentes de la matriz . Consideremos, ahora, un infectado en el compartimiento , entonces la entrada de es el tiempo promedio donde este individuo permanecer en el compartimiento en el transcurso de su periodo infeccioso[3]. Mientras que la entrada es la rapidez con la cual un individuo en el compartimiento produce nuevas infecciones en el compartimiento . Consecuentemente la entrada de es el numero promedio de nuevas infecciones de compartimiento producida por un individuo infectado de compartimiento .
La matriz
(6)
se denomina la next generation matrix (o matriz de siguiente generacin) y hemos visto que la entrada es el nmero promedio de individuos infectados de compartimiento producido por un individuo infectado del compartimiento . Notamos tambin que la matriz es una matrz cuadrada positiva de dimensin igual al nmero de compartimientos de infectados.
- Definicin de .
Vamos a enunciar las definiciones suplementarias siguientes acerca de los valores propios de una matriz.
Radio espectral. - Denominamos el radio espectral de una matriz de tamao , al valor maximal del mdulo de sus valores propios.
.
Mdulo de estabilidad. - Denominamos mdulo de estabilidad de una matriz , la ms grande parte real de los valores propios de
.
Tengamos en cuenta que las entradas de la matriz son los nmeros previstos de nuevas infecciones en el compartimento producidas por el individuo infectado inicialmente introducido en el compartimento . Entonces, es natural pensar que representar la entrada ms grande de . Luego, adaptando el mtodo de matriz de prxima generacin descrito en anteriormente, en Diekmann et al. (1990) se establece la siguiente definicin:
Definicin matemtica del nmero de reproduccin de base . Si entonces definimos el nmero de reproduccin de base ligado al punto DFE del sistema (1) como
(7)
Recalquemos que la condicin de tener nos permite obtener la estabilidad del punto DFE . A su vez la matriz jacobiana del sistema (1) se descompone como sigue
y como es una matriz de Metzler invertible entonces tiene valores propios con parte real negativa y si tiene tambin valores propios con parte real negativa implica la estabilidad del punto DFE est determinada por los valores propios de la matrz .
Mencionemos que la definicin de matrz de siguiente generacin dada en la seccin anterior difiere del signo negativo con respecto a la definicin presentada por Van den Driessche & Watmough (2002). Utilizamos las matrices de Metzler (Berman & Plemmons (1994), Cap. 6), que aparecen de forma natural en los sistemas de compartimientos, mientras que en Van den Driessche & Watmough (2002) se utilizan M-matrices[4]. Lo que lleva a Van den Driessche a notar lo que entra, lo que sale y tambin nota que
con .
Esto es absolutamente artificial, pero sirve para mostrar que es ms sencillo abordar la invertibilidad de matrices desde el punto de vista de las matrices de Metzler que desde la teora de las M-matrices. Con tal definicin, mostraremos un resultado principal que trata sobre la estabilidad del punto DFE. Tal como se mencion en las secciones anteriores, una de las caractersticas ms importantes de es el hecho que manifiesta la estabilidad del punto DFE. Hay diversos mtodos para la derivacin, a partir de un modelo determinstico, de la estabilidad del punto DFE a travs de pero nuestro enfoque fue el estudio de los valores propios de la matriz jacobiana, asociada al modelo, en el punto de equilibrio libre de enfermedad. Lastimosamente, para algunos modelos, los mtodos existentes no siempre permiten garantizar la interpretacin o significado de . Un ejemplo de esta problemtica se describe en detalle en Diekmann & Heesterbeek (2000; ejercicio 5.43).
- Criterio de estabilidad
El sistema epidemiolgico es asintticamente estable con respecto al punto DFE si y es inestable si .
Este criterio nos indica que si , entonces un individuo infecta en promedio menos de una persona, lo que significa que la enfermedad desaparecer de la poblacin. Mientras que, si , un individuo infecta en promedio a ms de una persona, es decir, que la enfermedad puede propagarse en la poblacin. La determinacin de los parmetros del modelo permite, as, calcular las condiciones de propagacin de la enfermedad.
Notemos que la ventaja de este mtodo radica en el hecho que se trata de un mtodo de reduccin dimensional, ya que la determinacin de la estabilidad del mdulo de la matriz , necesario para efectuar el anlisis de estabilidad del punto DFE , es reducido al clculo del radio espectral de la matriz de siguiente generacin que es de dimensin menor.
Por ltimo, observamos que en la descomposicin slo es imprescindible que sea una matriz no negativa y que sea una matriz de Metzler (Berman & Plemmons; 1994; Cap. 6) con . Sin embargo, estas condiciones no determinan de forma nica y ; sino es la interpretacin la que lleva a los y relevantes. La interpretacin decide que eventos, produccin y cambios de estado, se tienen en cuenta en y que eventos en . Para un ejemplo concreto, nos remitimos a la subseccin 6.4.3 del captulo 6 de Brauer, Van den Driessche y Wu (2008), donde se considera, en particular, un modelo simple de procesamiento SEIT. Para cualquier descomposicin, obtenemos un nmero de reproduccin, contando los eventos incrustados en . Sin embargo, diferentes descomposiciones conducen a diferentes nmeros de reproduccin.
- Ejemplos de aplicacin.
Aplicaremos el algoritmo de la matriz de siguiente generacin al estudio explcito del nmero de reproduccin bsico para algunos modelos epidemiolgicos. Adems, recordemos que, en general, el clculo analtico del radio espectral como de los puntos de equilibrio no suelen ser fciles y es por ello por lo que recurrimos al clculo numrico a travs de un logicial (Scilab, Matlab, Octave, entre otros). Sin embargo, en dimensiones pequeas, donde en casos de estructuras particulares podemos dar frmulas explcitas.
Modelo SEIR con una dinmica vital. - La dinmica vital (nacimientos y muertes) puede sostener un brote o permitir que se propaguen nuevas infecciones a medida que los nuevos nacimientos proporcionan individuos ms susceptibles. En una poblacin realista como esta, la dinmica de la enfermedad alcanzar un estado estable. Donde π y representan las tasas de natalidad y mortalidad, respectivamente, y se supone que son iguales para mantener una poblacin constante. Estas consideraciones se pueden resumir en el diagrama descrito en la Figura 3.
Figura 3: Esquema de la infeccin
Fuente: Elaboracin propia.
En este modelo, y son nmeros no negativos. La progresin en los compartimientos esta ilustrada en la Figura 3. Las nuevas infecciones en el compartimiento son debidas a contactos entre personas sensibles e infectadas en los compartimientos e con una tasa . Los individuos pasan del compartimiento hacia el compartimiento con un ritmo y desarrollan una inmunidad con una tasa . Adems, la mortalidad natural afecta a los individuos con una tasa . En aras de la simplicidad, el modelo asume una incorporacin constante, π, de individuos susceptibles. Si la incidencia y es constante, este modelo se denomina comnmente modelo de accin de masas. De forma ms general, puede verse como una funcin de la poblacin total .
El modelo SEIR se escribe como sigue
con condiciones iniciales donde .
Notemos que como no aparece en las tres primeras ecuaciones. Podemos entonces descartar la ltima ecuacin.
Los compartimientos infectados son e , entonces un punto de equilibrio con tiene la forma , donde . El cual se tratar de un punto DFE.
La progresin de e y la falla del tratamiento no son consideradas como nuevas infecciones, sino ms bien como la progresin de un individuo infectado a travs de los diferentes compartimientos. Por consecuencia,
Entonces,
de donde se obtiene
As, la matriz de siguiente generacin es
y el valor de es
Ahora estudiemos la estabilidad del punto DFE . Para ello, la matriz jacobiana asociada al sistema alrededor de es
Consecuentemente, el polinomio caracterstico viene dado por
Entonces los valores propios de son
Vemos bien que si , tenemos que , . As, el punto de equilibrio DFE es entonces inestables. Mientras que si tenemos que son negativos lo que implica que es asintticamente estable.
La inmunidad colectiva es una estrategia de vacunacin. Recordemos que la inmunidad colectiva es una forma de proteccin contra las enfermedades infecciosas que se produce cuando un porcentaje suficiente de la poblacin se vuelve inmune contra una infeccin, sea por vacunacin, sea por infecciones anteriores, lo que reduce la probabilidad de infeccin en los individuos que no estn inmunizados.
Para aclarar sobre cmo la vacunacin permite tener una poblacin con inmunidad de rebao, nos centramos en un ejemplo concreto del modelo epidmico con las siguientes caractersticas:
- Sin transmisin vertical: No hay paso directo de una enfermedad, un carcter gentico o una condicin particular, de una generacin a otra, ya sea por herencia o por transmisin de madre a hijo.
- Periodo de exposicin: El tiempo que el agente infeccioso est en contacto con la persona expuesta.
- Sin inmunidad nativa: Hace referencia a la ausencia de mecanismos de defensa no especficos que entran en juego inmediatamente o en las horas siguientes a la aparicin de un antgeno en el organismo.
- No hay recuperacin posible
Figura 4: Esquema epidemiolgico del modelo SEI
Fuente: Elaboracin propia.
La poblacin entonces est separada en tres categoras: Los susceptibles, , que son los individuos que pueden estar contaminados; los expuestos, , que son los individuos ya infectados pero que no estn todava en un estado contagioso; los infectados, , que son individuos infectados que son los individuos infectados que pueden transmitir la enfermedad a los susceptibles.
Tal
modelo SEI se traduce matemticamente por el siguiente sistema de ecuaciones
diferenciales,
cuyo punto DFE y el nmero de reproduccin de base estn dados por
La pregunta que nos hacemos, ligada al efecto inmunidad colectiva, para saber qu proporcin mnima de recin nacidos debe ser vacunada para evitar la aparicin de epidemias. Para estudiar esta situacin, introducimos un parmetro que represente la proporcin de vacunados en el flujo de la poblacin susceptible, entonces podemos escribir el modelo con vacunacin en .
As tenemos el modelo con vacunacin siguiente:
Utilizando el mtodo de la matriz de siguiente generacin para obtener el nmero $R_0$ para este nuevo modelo de vacunacin, obtenemos:
- El punto de equilibrio DFE .
- La matriz est dada por .
- corresponde al radio espectral de
Deseamos tener para erradicar la enfermedad. Entonces y notemos que la cantidad es el umbral de inmunidad colectiva, es decir, el porcentaje de una poblacin dada que est inmunizada, con la cual, si un sujeto infectado es introducido, ya no transmitir la enfermedad, ya que los otros individuos estn protegidos. Tenga en cuenta que la tabla, a continuacin, muestra que cuanto mayor sea la proporcin de individuos inmunes en una comunidad, menor ser la probabilidad de que los individuos no inmunes entren en contacto con un individuo infeccioso.
Tabla 1: y el nivel de inmunidad colectiva.
y el nivel de inmunidad colectiva para diferentes enfermedades evitables para la vacunacin |
||
Enfermedad |
|
Umbral de inmunidad colectiva |
Viruela |
5 |
80% |
Difteria |
5 |
80% |
Polio |
6 |
80 - 85% |
Rubeola |
6 |
80 - 85% |
Paperas |
8 |
85 - 90% |
Tos ferina |
15 |
90 - 95% |
Sarampin |
15 |
90 - 95% |
Fuente: (Lvy-Bhrul).
Tomemos en cuenta que la tabla muestra que cuanto mayor sea la proporcin de individuos inmunes en una comunidad, menor ser la probabilidad de que los individuos no inmunes entren en contacto con un individuo infeccioso.
A continuacin, mostraremos un ejemplo en donde la descomposicin no es nica. Para ello consideramos el siguiente modelo SEIT:
La descomposicin en y no es nica: Modelo SEIT
Supongamos que los individuos infecciosos son tratados con una tasa , pero el tratamiento es solo parcialmente efectivo: una fraccin de los individuos infecciosos tratados se recupera con inmunidad parcial, y una fraccin vuelve a una etapa latente de la infeccin. La ambigedad de se deriva de las dos posibles interpretaciones del fracaso del tratamiento. El tratamiento de personas con infeccin latente, a una tasa , tambin se incluye en el modelo y siempre resulta en una cura.
La dinmica del modelo se ilustra en la Figura 5
Figura 5: Progresin de la infeccin de los individuos susceptibles (S) a travs de los compartimientos expuestos (E), infectados (I) y tratados (T) para el modelo de tratamiento
Fuente: F. Brauer, P. Van den Driessche & J. Wu. (2008).
Este modelo conserva la estructura bsica del modelo SEIR precedente, pero el compartimento se reemplaza por un compartimento de individuos tratados con y se asume una accin estndar, en lugar de masiva. Como el tratamiento confiere solo inmunidad parcial, los individuos tratados se vuelven a infectar a un nivel de . La tasa de reclutamiento constante utilizada en el ejemplo anterior se generaliza a una tasa dependiente de la densidad, pero todos los dems parmetros conservan sus interpretaciones anteriores. El modelo de transmisin de enfermedades incluye las siguientes ecuaciones diferenciales, as como condiciones iniciales no negativas:
(8)
donde es la tasa de tratamiento de las personas expuestas, es la progresin del estado infeccioso y es una funcin que depende de y representa la tasa total de nuevos individuos susceptibles. Luego, vamos a considerar el trmino como la progresin de un individuo infectado.
Notemos que los compartimientos de las enfermedades son e . El trmino es la progresin de un individuo infectado a travs de los compartimientos de la enfermedad, en lugar de una nueva infeccin y tenemos en cuenta adems que dada que la poblacin total es constante, solo podemos centrarnos en las ecuaciones de , e .
Con esta interpretacin del trmino vamos a utilizar el mtodo de la matriz de siguiente generacin. Para obtener el punto de equilibrio libre de enfermedad DFE, resolvemos el sistema de ecuaciones siguiente:
Recordemos que para obtener el punto DFE, consideramos que la poblacin no tiene infeccin, es decir, . Entonces, del sistema de ecuaciones tenemos:
y como se sigue que . De donde, se obtiene
(9)
As el equilibrio DFE es dado por:
y remarquemos que es una solucin positiva de la ecuacin (9).
Ahora, tomemos en cuenta que tenemos la descomposicin siguiente:
Con lo cual,
y la matriz inversa de viene dada por
y a partir de esta matriz obtenemos
Entonces, corresponde al radio espectral de :
En resumen, la cantidad es la fraccin de individuos que abandonan el compartimento y avanzan al compartimento , y es la fraccin de individuos que abandonan el compartimento y regresan al compartimento . El producto de ambas fracciones es la porcin de individuos expuestos que pasan por el compartimento al menos una vez, y la suma de estos productos es el nmero esperado de veces que un individuo expuesto pasa por el compartimento . Multiplicando por , obtenemos , ya que cada vez que un individuo ingresa al compartimento infeccioso , pasa un promedio de unidades de tiempo all produciendo, en promedio, infecciones secundarias.
Ahora contemplaremos el caso cuando el tratamiento falla y se considera como una nueva infeccin. En este caso consideramos que el tratamiento fracasa entonces ser considerado como una nueva infeccin, as, el trmino no ser tomando en cuenta en el compartimiento . Por ende, tenemos la descomposicin siguiente:
Asimismo,
donde la matriz inversa de se expresa como sigue
y esta expresin da
Entonces, corresponde al radio espectral de :
Percibamos que dado en el punto DFE, el trmino de reinfeccin no aparece en ninguna de las dos linealizaciones y la eleccin de colocar el trmino en o tiene pocas consecuencias prcticas.
Nos centramos, a continuacin, en el estudio de la estabilidad del punto DFE. Para esto, observemos que la matriz jacobiana asociada al sistema (8) alrededor de viene dada por
Seguidamente, el polinomio caracterstico de esta matriz es
Aqu, los valores propios de son
Si y si (o si ), entonces (o ), y . El punto de equilibrio DFE es inestable. Mientras que si y si tenemos que los tres valores propios son negativos que implica la estabilidad asinttica del punto .
Tengamos en cuenta que matemticamente, los valores de y nos dan una estimacin del momento donde una epidemia puede o no ocurrir, pero la diferencia radica en su interpretacin epidemiolgica. Ntese que, en la segunda interpretacin, la tasa de infeccin es y se asume un individuo expuesto pase unidades de tiempo en el compartimento . El error en este razonamiento es que la falla del tratamiento no da como resultado un nuevo individuo infectado, sino que solo cambia el estado infeccin de un individuo ya infectado.
- Persistencia de una enfermedad
Recuerde que el anlisis del nmero bsico de reproduccin radica en el estudio cualitativo de ecuaciones diferenciales ordinarias. Adems, sabemos que el mtodo de matriz de siguiente generacin nos asegura, bajo supuestos adecuados, que el punto DFE es asintticamente estable si y es inestable si , y aqu es donde nos interesa el estudio del comportamiento de las personas infectadas y su grado de persistencia de la enfermedad, es decir, si las enfermedades se mantienen inalterables en el tiempo. En esta seccin, presentaremos la definicin matemtica de la persistencia de la enfermedad.
Nos interesa estudiar el comportamiento de la poblacin infectada a lo largo del tiempo y su relacin con la presencia de la enfermedad y para estudiar la persistencia ocuparemos el modelo . Este modelo es un clsico en epidemiologa matemtica. Presentamos en esta parte los resultados del estudio de estabilidad propuesto en Perasso (2018), y este anlisis se basa en el principio de invariancia de LaSalle (Varga, 1960).
El modelo es el ms simple de todos los modelos de enfermedades. Los individuos nacen en la poblacin sin inmunidad (susceptible). Una vez infectados y sin tratamiento, los individuos permanecen infectados e infecciosos durante toda su vida y permanecen en contacto con la poblacin susceptible. La dinmica del modelo est ilustrada en la Figura 6
Figura 6: Esquema epidemiolgico del modelo SI
Fuente: Elaboracin propia.
donde es la tasa de infeccin que controla la tasa de propagacin que representa la probabilidad de transmisin de una enfermedad entre un individuo susceptible y un individuo infeccioso. Mientras que y representan las tasas de natalidad y de mortalidad, respectivamente, para el modelo. Por cuestiones de facilidad, se supone que el modelo tiene un reclutamiento constante, , de individuos susceptibles y para mantener una poblacin constante, admitimos que . Por consecuencia, el modelo se escribe como sigue:
(10)
Utilizando el mtodo de matriz de siguiente generacin para tener el valor de para este modelo, obtenemos:
- El punto DFE .
- La matriz de siguiente generacin viene dada por .
- corresponde al radio espectral de
Recordemos que el mtodo de matriz de siguiente generacin implica que el punto DFE es inestable si , pero no estamos seguros si esta condicin es suficiente para concluir que la enfermedad es persistente. En este modelo notemos que el punto es la nica solucin del sistema con condicin inicial . Entonces, se tiene que
y se observa que la estabilidad del punto DFE, que es global en este caso, significa que toda solucin converger hacia l. En cambio, la inestabilidad de este punto significa que existe al menos una solucin que no converger hacia l. Por consecuencia, decir que el punto DFE es inestable no excluye la convergencia de ciertas soluciones hacia l, lo que implica que entonces no hay contradiccin con la inestabilidad del punto DFE, es decir, no implica la persistencia de la enfermedad.
Entonces, la nocin de persistencia est ligada al hecho de tener soluciones que se alejan del punto de equilibrio. As, introducimos la definicin siguiente.
Definicin de persistencia. Decimos que la enfermedad es persistente si se cumple la siguiente condicin
En otras palabras, la persistencia significa que la poblacin infectada permanece en el tiempo, con un umbral mnimo que es uniforme en el estado inicial y notemos que esta definicin nos habla de la presencia de otro punto de equilibrio tal que la poblacin inicial de infectados . Lo que nos conduce a introducir la nocin del punto de equilibrio endmico.
Punto de equilibrio endmico (EE). - El equilibrio endmico, denotado , es el estado en el cual la enfermedad no puede ser totalmente erradicada, pero permanece en la poblacin.
En general, para que la enfermedad persiste en la poblacin, la clase inmunizada, susceptible, la clase de las infecciones recientes, la clase infecciosa y la clase de recuperacin no deben ser nulas en el estado de equilibrio. Es otros trminos, si es el estado de equilibrio endmico, entonces y observemos que este punto de equilibrio no debe tener ninguna componente igual a cero.
En el modelo para que la enfermedad persista, debemos tener un punto de equilibrio que satisfaga . A continuacin, vamos a determinar el punto EE para este modelo, para ello resolvemos el sistema siguiente:
de la ltima ecuacin del sistema tenemos que
De donde, si suponemos que entonces
Ahora, reemplazando este valor en la primera ecuacin del sistema se sigue
El punto de equilibrio endmico EE viene dado entonces por
Bajo la hiptesis de que , una realidad biolgica puede ser asegurada para el punto EE, tenemos entonces el resultado, a continuacin, que implica la persistencia de la enfermedad cuando .
Con la definicin del equilibrio endmico EE, mostraremos un resultado principal que trata sobre la estabilidad global del punto EE. Ms precisamente tenemos:
- Si entonces el punto DFE es globalmente estable en .
- Si entonces el punto DFE es inestable y el punto EE es globalmente estable en el octante positivo .
Observemos que para el caso consideramos la funcin de Lyapunov siguiente
donde e son las componentes del punto de equilibrio endmico EE y para todo . Adems, la derivada respecto a de la funcin viene dada por
y tambin cabe notar que esta derivada es negativa, con lo cual, obtenemos la estabilidad asinttica del punto de equilibrio EE.
Mientras que, para probar la propiedad de atractivo global del punto EE. Para ello, consideramos la funcin donde que implica que es nula sobre la recta del octante . Como el punto EE es el nico conjunto invariante del sistema del modelo SI sobre la recta entonces, por el Principio de invarianza de LaSalle se tiene que el punto es globalmente atractivo.
Combinando este hecho junto a la estabilidad asinttica del punto EE, tenemos que el equilibrio endmico es globalmente estable con respecto a .
Por otro lado, para el caso cuando trabajaremos sobre el conjunto ; consideremos el punto DFE y la siguiente funcin de Lyapunov
.
Y su derivada respecto al tiempo viene dada por
la cual es negativa y as aseguramos que es globalmente atractivo en , y finalmente en cuando del sistema (10).
Recuerde que si la enfermedad desaparece, en cambio si la enfermedad se estabiliza con las prevalencias
donde la prevalencia es la proporcin de una poblacin que todava est afectada por la enfermedad en un momento dado.
Finalmente, podemos encontrar en la literatura varios artculos de epidemiologa matemtica que examinan la cuestin de la extincin de enfermedades versus la persistencia de enfermedades para sistemas de ecuaciones diferenciales ordinarias, mediante un anlisis global. En particular, podemos citar el caso de los modelos SIR, SIRS, SIS y una extensin a los modelos SIR y SIS multicepa en Brauer et al. (2008).
- Discusin
En las secciones anteriores se present el uso prctico de que se ha centrado, en gran medida, en la literatura de los aos, 2002, 2003 y 2004. Adems de una cantidad de artculos incluidos aqu, y cabe notar que la revisin expuesta aqu, no fue exhaustiva, pero atestigua la relevancia actual de este importante concepto. El mtodo utilizado, en este documento, para calcular a partir de un modelo de compartimientos vuelve relativamente fcil la obtencin de este valor. Pero para modelos ms complejos (vase G. Sallet. 2010 y et al. 2016) se debe tener en cuenta que, debido a la estructura del modelo, no podemos calcular explcitamente los puntos de equilibrio. Entonces, antes de calcular el nmero de reproduccin, se debe hacer simplificaciones al modelo y as poder reducirlo a un sistema de dimensin menor. Mientras que encontramos un modelo de vacunacin imperfecto en G. Sallet en donde se muestra un corto anlisis sobre la formulacin errnea de , lo cual nos hace caer en cuenta que debemos ser ms rigurosos al momento de estudiar el modelo y ver que en efecto est bien formulado.
El mtodo jacobiano claramente nos permite derivar un parmetro que refleja la estabilidad del equilibrio libre de enfermedad. Sin embargo, el parmetro obtenido de esta manera puede o no reflejar el valor biolgicamente significativo de . Un ejemplo donde el mtodo jacobiano no produce se describe en detalle en Diekmann & Heesterbeek (2000; ejercicio 5.43). A pesar de esta advertencia, esta tcnica es popular; los usos recientes de este criterio estn presente en diversas literaturas. Pero en un artculo de Roberts y Heesterbeek (2003), se sugiere que, si este parmetro de umbral no tiene la misma interpretacin biolgica que el valor propio dominante de la matriz de la prxima generacin, entonces no debera llamarse ndice reproductivo bsico, ni denotarse como .
- Conclusiones
- Encontramos que, en los modelos epidmicos presentados, los individuos de la poblacin pueden estar en varios compartimentos diferentes, que reflejan diferencias en el estado de infeccin. Entre los estados que se aplican a las personas infectadas, destacamos los estados en los que las personas pueden estar inmediatamente despus de ser infectadas. Estos estados juegan un papel especial en la definicin y clculo de , que se define como el radio espectral de la matriz de prxima generacin asociada con el sistema de ecuaciones diferenciales ordinarias.
Hemos proporcionado un esquema para la construccin de la matriz de prxima generacin para modelos epidemiolgicos y hemos visto que este esquema se puede implementar fcilmente en el software matemtico de uso comn.
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2022 por el autor. Este artculo es de acceso abierto y distribuido segn los trminos y condiciones de la licencia Creative Commons Atribucin-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional (CC BY-NC-SA 4.0)
(https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/).
[1] Transmisin vertical se refiere a la infeccin a travs de la madre al feto o beb en el periodo perinatal o neonatal. Mientras que la transmisin horizontal es la transmisin de un agente patgeno, como una bacteria, hongo o virus, entre miembros de una misma especie que no tienen una relacin madre-hijo
[2] Matrz en la cual todas las componentes fuera de la diagonal son no negativas.
[3] Tiempo que se necesita para que se desarrolle una infeccin despus de que una persona se ve expuesta a un organismo que causa una enfermedad.
[4] Matriz cuadrada con entradas reales en la que todos sus principales menores son estrictamente positivos y sus elementos extradiagonales son negativos.
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