Existen estudios que han demostrado el potencial antifúngico de ciertas cepas de bacterias ácido lácticas (BAL) y su eficiente aplicación para el control de estos contaminantes durante la producción y almacenamiento de alimentos. En consecuencia, el objetivo de este trabajo ha sido evaluar la actividad antagonista de BAL sobre Penicillium sp. y Aspergillus sp., hongos contaminantes aislados de granos de quinua Chenopodium quinua Willdenow. Se aislaron 40 cepas de bacterias ácido lácticas de alimentos fermentados de elaboración artesanal (pickles, chicha, suero lácteo y queso con cultivo lácteo) y de productos de marcas registradas con contenido de cepas probióticas (kumis, cápsulas de probióticos y fermento láctico) en agar Man, Rogosa y Sharpe (MRS). A partir de granos de quinua provenientes de diferentes zonas de la provincia de Chimborazo-Ecuador se obtuvieron 11 aislados de Penicillium y 4 de Aspergillus; una cepa del hongo Penicillium y una cepa del hongo Aspergillus participaron en el ensayo de superposición de placas en agar Malta frente a 40 aislados de bacterias ácido lácticas con potencial antifúngico. El 22,5% de las bacterias ácido lácticas aisladas demostraron una supresión media sobre Penicillium sp., mientras que el 15% de las BAL evidenciaron una supresión media sobre Aspergillus sp. Las bacterias ácido lácticas aisladas a partir de pickles y suero lácteo mostraron una actividad antifúngica superior, capacidad que podría atribuirse a la producción de metabolitos activos y a las características de la matriz donde se desarrollan.