La investigación tiene como objetivo analizar las diferencias en los factores que influyen en el proceso enseñanza aprendizaje en modalidad virtual, de los estudiantes de dos universidades licenciadas por SUNEDU en la ciudad de Arequipa, Perú.  La metodología utilizada tiene un diseño no experimental, de tipo campo con un nivel de investigación descriptivo. Los resultados se basaron en los análisis sobre las características de los estudiantes, forma de acceso a internet, tipo de equipos empleados, preparación para el aprendizaje virtual, manejo de herramientas informáticas y entornos virtuales, opinión sobre la modalidad virtual y factores estresantes en el aprendizaje. Conclusiones de la investigación: poca diferencia en la disponibilidad y empleo de recursos por parte de los estudiantes de la universidad pública y privada; autopercepción de los estudiantes de una deficiente preparación en el uso de tecnologías de aprendizaje virtual; desapego a la educación virtual; mediana preparación para el aprendizaje virtual de docentes, alumnos e instituciones; insuficiente infraestructura tecnológica y de apoyo logístico y técnico por parte de las universidades.