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La artritis reumatoide es una enfermedad autoinmune, sistémica y progresiva, caracterizada por discapacidad significativa. No existe una prueba patognomónica para su diagnóstico; este se basa en criterios que combinan hallazgos clínicos y de laboratorio. Entre las pruebas más utilizadas están el factor reumatoide y los anticuerpos antipéptido cíclico citrulinado, los cuales son clave en la detección e identificación de las diferentes formas de artritis. El estudio tuvo como objetivo comparar el factor reumatoide y los anticuerpos antipéptido cíclico citrulinado en el diagnóstico de artritis reumatoide en adultos, Guayaquil, 2024. Se realizó una investigación analítica de evaluación de pruebas diagnósticas, transversal y retrospectiva en el Laboratorio del Centro Clínico Quirúrgico Ambulatorio “Dr. Efrén Jurado López”, utilizando una muestra representativa de 336 registros de pacientes. Los resultados mostraron una positividad del 78,3% para el factor reumatoide y un 99,1% para los anticuerpos antipéptido cíclico citrulinado. La evaluación de la efectividad diagnóstica según la sensibilidad, especificidad y valores predictivos reveló un rendimiento diagnóstico del 100% para la prueba de anticuerpos antipéptido cíclico citrulinado, superando significativamente (p<0,0001) al factor reumatoide, cuya sensibilidad y valor predictivo negativo fueron del 79% y 4,1%, respectivamente. Se concluye que los anticuerpos antipéptido cíclico citrulinado deben priorizarse como herramienta diagnóstica principal. Sin embargo, pese a las limitaciones del factor reumatoide, hallazgos recientes sugieren profundizar en su uso combinado con los anticuerpos antipéptido cíclico citrulinado, lo que podría ser útil para un diagnóstico integral, confirmando hallazgos clínicos y brindando mayor apoyo en el seguimiento de estos pacientes, especialmente los ecuatorianos.