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Introducción: la obesidad se ha descrito como un problema de salud pública que se ha incrementado vertiginosamente, esta enfermedad esta modulada por diversos factores, entre los más importantes tenemos los genéticos y medioambientales que inducen muchas veces a desencadenar varias patologías de mayor cuidado. Entre los indicadores que ayudan al diagnóstico de la obesidad tenemos el índice de masa corporal,  marcadores  bioquímicos  que  nos  permiten  diagnosticar  la  obesidad mórbida y actualmente la determinación de polimorfismos genéticos pueden ayudar a dilucidar diversos aspectos sobre esta enfermedad. Objetivo: el objetivo de este trabajo  fue  determinar  qué  relación  existe  entre  Colesterol  HDL,  Triglicéridos, Glucosa y la presencia del polimorfismo rs9939609 del gen FTO en muestras de mujeres obesas de edad entre 45 a 65 años. Metodología: se realizó un estudio correlacional,   descriptivo   y   de   cohorte   transversal,   la   determinación   de   los marcadores bioquímicos se la realizó mediante reacción colorimétrica, la determinación del polimorfismo fue mediante PCR en el Instituto de Biomedicina de la Universidad Católica de Santiago de Guayaquil. Resultados y conclusiones: se evidencio mediante prueba estadística una correlación significativa entre la presencia de la mutación rs9939609 del gen FTO y la   baja concentración de colesterol HDL en pacientes que padecen de   Obesidad 65.8% (48).Por otro lado los triglicéridos elevados se encontraron en mayor porcentaje en la población con sobrepeso representando un 54.9% (39), Mientras que en pacientes con obesidad se evidencio un mayor porcentaje de glucosa elevada 27.4% (20).